Em 2009, Fred acertou sua transferência para o Fluminense. O atacante estava insatisfeito no antigo clube, o Lyon, devido ao fato de ser reserva, e declarou que queria sair do clube antes do término do contrato, em Maio. O presidente do Lyon, Jean-Michel Aulas, dificultou sua ida para o clube carioca. Mesmo assim, a vontade de Fred falou mais alto, e ele então assinou contrato com o clube por cinco anos.Fred marcou dois gols logo em sua estreia pelo Fluminense, no dia 15 de Março, na vitória por 3 a 1, sobre o Macaé.

Em julho de 2009 o jogador sofreu uma grave lesão muscular na região da virilha, ficando quase três meses em recuperação.Ao retornar aos gramados, em outubro, o artilheiro comandou a equipe em uma série invicta de dez partidas pelo Campeonato Brasileiro e pela Copa Sulamericana (entre 10 de outubro e 15 de novembro), mantendo um média de 1 gol por partida. O jogador foi considerado a peça principal no rendimento da equipe.

Em 2010 seu retrospecto não é muito bom devido a seguidas lesões que o assombram constantemente,porém recentemente o blog  Olhar Crônico Esportivo, do Globoesporte.com, divulgou uma interessante pesquisa entre os torcedores das 12 maiores torcidas do brasil,o tema da pesquisa era quem é na atualidade o jogador mais querido no brasil,em primeiro lugar aparece Neymar do santos,porém para a torcida tricolor os três mais votados foram Conca,Fred e Ronaldinho Gaucho.O nosso gringo é unanimidade entre os pesquisados,e isso é indiscutivel pois o futebol apresentado pelo nosso camisa 11 é impecavel,mais fica a pergunta,se mesmo sem atuar,Fred é considerado o 2° mais querido para os tricolores,oque ele pode fazer atuando de maneira brilhante como ela sabe muito bem.

Se quiserem ver a pesquisa completa o link é esse:

http://globoesporte.globo.com/platb/olharcronicoesportivo/2010/10/19/neymar-o-mais-querido-do-brasil-em-2010/